Hamowanie wzrostu bakterii przez peptydowe kwasy nukleinowe komplementarne do bakteryjnego rRNA

Repozytorium Centrum Otwartej Nauki

pl | en
 
 

Pokaż uproszczony rekord

dc.contributor.advisor Bębas, Piotr
dc.contributor.advisor Trylska, Joanna
dc.contributor.author Markowska-Zagrajek, Agnieszka
dc.date.accessioned 2018-02-03T00:05:20Z
dc.date.available 2018-02-03T00:05:20Z
dc.date.issued 2017-10-25
dc.identifier.uri https://depotuw.ceon.pl/handle/item/2507
dc.description.abstract Nowadays antibiotics are overused in human treatment, agriculture and animal breading. Bacteria can effectively acquire resistance when exposed to antibiotics so it is crucial to find new antimicrobial drugs to combat antibiotic-resistant pathogens. The ribosome is one of the bacterial targets for clinically used antibiotics. However, the ribosome can be also sterically blocked by complementary oligomers for example peptide nucleic acids (PNA). PNAs are synthetic analogues of DNA with a neutral peptide-mimicking backbone. Importantly, they are not digested by enzymes such nucleases and proteases. Antisense modified oligonucleotides such PNA, which inhibit bacteria translation, could become useful tools for controlling in the future the spread of bacteria The main goal of this research was to design PNA sequences that would bind to bacterial rRNA and inhibit bacterial growth. I designed four PNA sequences complementary to rRNA and control sequences that included different versions of PNA with peptide, without and with fluorescein what gives together nineteen conjugates tested during my studies. I verified the sequence-specific hybridization of PNAs with isolated rRNA from Escherichia coli. I determined that PNA inhibits translation in a bacterial cell-free translation/transcription system. Then, I showed that PNA targeted to functional site in the ribosome inhibits the growth of E. coli cultures. Furthermore, I proved by agarose gel electrophoresis that PNA binds rRNA present in isolated total RNA, and also binds 70S ribosomes. The results of my study indicate that targeting rRNA with PNA could be a promising way to inhibit bacterial growth and to search for new target sites in bacterial RNA.
dc.description.abstract Zastosowanie antybiotyków na szeroką skalę, w leczeniu ludzi i hodowli zwierząt, przyczyniło się do rozwinięcia oporności bakterii na konwencjonalne antybiotyki. Ważne jest, aby znaleźć środki za pomocą których można będzie zwalczać oporne szczepy bakteryjne. Docelowym miejscem działania dla wielu klas antybiotyków jest rybosom bakteryjny. Oligonukleotydy, stosowane do zahamowania procesu syntezy białek niezbędnych do życia bakterii, mogą okazać się pomocne w zwalczaniu chorób bakteryjnych. Peptydowe kwasy nukleinowe (PNA) są syntetycznymi analogami kwasów nukleinowych, które zawierają neutralny szkielet, są niewrażliwe na działanie enzymów degradujących kwasy nukleinowe i białka oraz tworzą stabilne kompleksy zarówno z DNA jak i RNA. Głównym celem mojej rozprawy doktorskiej było poszukiwanie oligonukleotydów PNA wiążących się do rybosomowego RNA (rRNA), które wydajnie hamowałyby wzrost bakterii Escherichia coli. Zaprojektowałam cztery sekwencje PNA komplementarne do rRNA i ich warianty z peptydem umożliwiającym dostarczanie do komórki bakteryjnej, a także z fluoresceiną oraz sekwencje kontrolne. Łącznie pracowałam z dziewiętnastoma oligonukleotydami PNA. Wykazałam, że zaprojektowane oligomery PNA oddziałują komplementarnie z określonymi fragmentami rRNA E. coli. Udowodniłam również, że PNA komplementarne do rRNA hamuje proces bakteryjnej translacji oraz wzrost komórek bakteryjnych. Ponadto pokazałam, że PNA wiąże się z izolowanymi rybosomami bakteryjnymi. Otrzymane wyniki mogą być pomocne w trakcie poszukiwania nowych miejsc docelowych w rRNA bakterii dla cząsteczek przeciwbakteryjnych, a także wskazują, że PNA komplementarne do wybranych miejsc w rRNA mogą skutecznie hamować wzrost komórek bakteryjnych.
dc.language.iso pl
dc.rights 10daysAccess
dc.subject rybosom
dc.subject rRNA
dc.subject peptydowe kwasy nukleinowe
dc.subject Escherichia coli
dc.subject ribosome
dc.subject rRNA
dc.subject peptide nucleic acids
dc.subject Escherichia coli
dc.title Hamowanie wzrostu bakterii przez peptydowe kwasy nukleinowe komplementarne do bakteryjnego rRNA
dc.title.alternative Hamowanie wzrostu bakterii przez peptydowe kwasy nukleinowe komplementarne do bakteryjnego rRNA
dc.title.alternative Inhibition of bacterial growth by peptide nucleic acids complementary to bacterial rRNA
dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.contributor.department Wydział Biologii
dc.date.defence 2018-03-12
dc.identifier.apd 16565
dc.description.osid 119573
dc.contributor.email markowska@biol.uw.edu.pl

Plików w tej pozycji

Ta pozycja pokazuje się w tej kolekcji(ach)

Pokaż uproszczony rekord

Szukaj w repozytorium


Szukanie zaawansowane

Przeglądaj

Moje konto

Statystyki